Regionaalsed innovatsioonisüsteemid on maailmas laialt levinud innovatsiooni ja teadmusloome ühendatud ökosüsteemid. Peamiselt lahendavad need teadmusloome ja selle siirde killustumise probleeme. Teadmus küll luuakse, aga uuringute ja analüüside omavaheline seotus ja tulemuste realiseerimine praktikas on liiga vähene, et teadmusele vastavad muutused ka tegelikus elus realiseeruksid. See on keskse probleemina välja ­toodud ka Eesti teadus- ja arendustegevuse, innovatsiooni ning ettevõtluse arengukavas 2021–2035 (TAIE):

• Eesti ühiskonna ees seisvate proovikivide lahendamisel kasutatakse liiga vähe teadustulemusi ja teadlasi. TAIE poliitika ei ole piisavalt mõjus, et toetada majanduslike ja ühiskondlike eesmärkide saavutamist, sh majandusstruktuuri muutmist.
• Teadustöö tulemused ei leia rakendust ettevõtluses. Eestis sünnib vähe läbimurdelist innovatsiooni. Ülikoolidel ja ettevõtjatel napib motivatsiooni ja võimekust teha koostööd, ettevõtetesse ei palgata TA-spetsialiste. Teadussuunad on kasvanud lahku majandusest ja ühiskonnast ning seetõttu on TAIE ühiskondlik kasu (tõhusus) väike.
• Eesti majandust iseloomustab madal tulutase ja kesine koht rahvusvahelistes väärtusahelates. Kõrge lisandväärtusega tooteid ja teenuseid eksporditakse võrdlemisi vähe ning seetõttu on Eesti toodete ja teenuste rahvusvaheline tuntus väike.
• Ettevõtluskeskkonna teenused ei ole piisavalt automatiseeritud ega kasutajast lähtuvalt (sündmuspõhiselt ja proaktiivselt) disainitud ja arendatud, samuti ei kasutata uudseid lahendusi (tehisintellekt, reaalajas toimivad teenused), mistõttu on ettevõtja halduskoormus suur. Eestil on risk jääda väikese lisandväärtusega allhankeriigiks, ELi aeglase kasvutempoga liikmeks.